玻璃杯是可以消毒的！根据消毒柜的原理不同，有些器具是不能消毒的：1、高温消毒柜。这种消毒柜不能消毒耐高温性差的器具，如橡胶等；2、臭氧+紫外线。这种消毒方式的消毒柜可以在非温下消毒，所以不耐热的器具可以消毒，但是器具与臭氧和紫外线发生化学反应的器具，则不能消毒！玻璃由于其耐高温，结构稳定不易发生化学反应，所以一般都可以消毒！

除了塑料制品、木竹制品不能放入消毒柜进行高温消毒外，其他一般器皿包括玻璃杯都能进行消毒。臭氧消毒层可消毒所有器皿。