纳豆发酵从接种开始算时间，18-20小时即可，不要超过24小时。发酵18小时左右时，大豆的有效物质就基本被纳豆菌分解的差不多了，纳豆菌因为缺乏营养就会变成孢子，再延长时间氨味会越来越大，就不好吃了 。发酵结束后密封冷藏后熟（4-8度）12小时后就可以吃了。

纳豆低温熟化温度是35-42度，最佳温度是37-38度，温度高了会发干。时间在15-24小时，一般20小时就可以了，时间长了发苦。在发酵容器里放点水保持湿度（不是在豆里放水）。发酵纳豆的盒不能用不锈钢等金属盒，要用PP材料的保鲜盒之类的。